王鑫
王鑫,深圳技术大学大数据与互联网学院助理教授,硕士生导师。主要研究方向包括:计算生物学、机器学习、AI辅助制药(AIDD)、抗体药计算机辅助设计、纳米体药物计算机辅助设计,相关算法、数据库及VR软件等。本科毕业于中山大学,研究生师从中科院北京生命科学研究院孙中生老师,博士毕业于澳大利亚悉尼新南威尔士大学,后分别在美国西北大学与哈佛大学哈佛医学院进行两段博士后研究。至今已发表SCI论文近20篇,其中近两年内发表通讯/共同通讯作者文章5篇。发表的高水平论文包括一篇Nature封面文章共同作者论文,一篇Journal of Hematology & Oncology(IF28.5)第三作者论文及一篇Nucleic Acids Research第三作者论文。总引用累计超450次,拥有2项软件著作权及申请3项发明专利,多次受邀担任相关期刊审稿人。 一、教育经历 2014/08-2018/03 新南威尔士大学(悉尼),生物信息学,博士(Ph.D.) 2005/09-2009/06 中山大学,化学,理学学士 二、工作经历 2021/12-至今 深圳技术大学,大数据与互联网学院,助理教授 2021/11-2021/12 栈源(杭州)生物医药有限公司,首席技术官(CTO) 2020/03-2021/08 哈佛大学哈佛医学院,生物医学信息学系,研究员(Research Fellow) 2018/04-2020/02 美国西北大学Feinberg医学院,药理学系,博士后研究员 2013/08-2014/06 葡萄牙Biocant 研究所,生物信息研究员 2009/08-2010/07 广州华峰生物科技有限公司, 生物信息研究员 三、主要研究领域 计算生物学,机器学习与AI辅助制药,目前着力于抗体药特别是纳米体药物的计算机辅助设计研究。 四、近五年发表论文 (1)Wenyuan Shang*, Xiujun Hu*, Xiaoman Lin, Shangru Li, Shuchang Xiong, Bingding Huang#, Xin Wang#. (2024). Iterative In Silico Screening for Optimizing Stable Conformation of Anti-SARS-CoV-2 Nanobodies. Pharmaceuticals 17, no. 4: 424. https://doi.org/10.3390/ph17040424 (2)Shangru Li, Xiangpeng Meng, Rui Li, Bingding Huang#, Xin Wang#. NanoBERTa-ASP: predicting nanobody paratope based on a pretrained RoBERTa model. BMC Bioinformatics 25, 122 (2024). https://doi.org/10.1186/s12859-024-05750-5 (3)Shuchang Xiong*, Zhengwen Liu*, Xin Yi*, Kai Liu, Bingding Huang#, Xin Wang#. NanoLAS: a comprehensive nanobody database with data integration, consolidation and application. Database-The Journal of Biological Databases and Curation, Volume 2024, 2024, baae003. https://doi.org/10.1093/database/baae003 (4)Shibo Liang, Ziquan Liang, Zecheng Wu, Feijuan Huang, Xu Wang, Yuanzhe Cai, Bingding Huang, Xin Wang. (2023). A benchmark study of protein folding algorithms on nanobodies. 2023 International Conference on Communications, Computing and Artificial Intelligence (CCCAI). https://ieeexplore.ieee.org/document/10242734 (5)Blue B. Lake, Rajasree Menon, Seth Winfree, Qiwen Hu, Ricardo Melo Ferreira, Kian Kalhor, Daria Barwinska, Edgar A. Otto, Michael Ferkowicz, Dinh Diep, Nongluk Plongthongkum, Amanda Knoten, Sarah Urata, Laura H. Mariani, Abhijit S. Naik, Sean Eddy, Bo Zhang, Yan Wu, Diane Salamon, James C. Williams, Xin Wang, Karol S. Balderrama, Paul J. Hoover, Evan Murray, Jamie L. Marshall, Teia Noel, Anitha Vijayan, Austin Hartman, Fei Chen, Sushrut S. Waikar, Sylvia E. Rosas, Francis P. Wilson, Paul M. Palevsky, Krzysztof Kiryluk, John R. Sedor, Robert D. Toto, Chirag R. Parikh, Eric H. Kim, Rahul Satija, Anna Greka, Evan Z. Macosko, Peter V. Kharchenko, Joseph P. Gaut, Jeffrey B. Hodgin, KPMP Consortium, Michael T. Eadon, Pierre C. Dagher, Tarek M. El-Achkar, Kun Zhang, Matthias Kretzler & Sanjay Jain. (2023). An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney. Nature (619), 585–594. (封面文章) (6)Jieren Liu, Dongna Huang, Yuanzhe Cai, Zhihua Cao, Zhiyu Liu, Shuo Zhang, Lin Zhao, Xin Wang, Yuchuan Wang, Feijuan Huang & Zhengzhi Wu. (2022). Saliva diagnostics: emerging techniques and biomarkers for salivaomics in cancer detection. Expert Review of Molecular Diagnostics 22 (12), 1077-1097. (7)Xin Wang, Jane Frederick, Hongbin Wang, Sheng Hui, Vadim Backman, Zhe Ji. (2021). Spike-in normalization for single-cell RNA-seq reveals dynamic global transcriptional activity mediating anti-cancer drug response. NAR Genomics and Bioinformatics, 3 (2), lqab054. (8)Fahmin Basher, Payal Dhar, Xin Wang, Derek A. Wainwright, Bin Zhang, Jeffrey Sosman, Zhe Ji & Jennifer D. Wu. (2020). Antibody targeting tumor-derived soluble NKG2D ligand sMIC reprograms NK cell homeostatic survival and function and enhances melanoma response to PDL1 block ade therapy. Journal of Hematology & Oncology 13 (1), 1-16. 五、其他信息 计算生物学实验室网站:www.wanglab.fun 实验室为进实验室同学提供办公位置,搭载GPU的工作站/服务器,VR设备及专业的各方面技能培训。提供面向国内外著名高校的硕博申请推荐信和深圳各大计算机/生物信息/互联网公司的工作推荐信。欢迎各位考生报考。 E-mail:wangxin@sztu.edu.cn